兵部掌管全国军士、武官选授、简练指令，以及军令、军籍、军训、军资等一切事宜，下设兵部、职方、驾部、库部四司。
刑部主掌律令、刑法、徒隶并平议国家之禁令，下设刑部、都官、比部、司门四司。
工部主掌土木水利工程和国家农、林、牧（军马除外）、渔业之政，下设工部、屯田、虞部、水部四司。
各部均设尚书一人，正三品，侍郎二人，从三品，郎中、员外郎、主事、令使等官员若干。
御史台，则是全国最高的监察机关，设御史大夫一人，正三品，御史中丞、侍御史、殿中侍御史、监察御史等官员若干，分三院并分派官员至三省和各郡县，品秩虽不高，却职位清要，有监察和弹劾百官之权。
立国后，中央的官制虽有了极大变化，但在地方上则仍旧沿用原来的郡县制，郡县划分标准和官员品秩配备照旧。
随着三省六部和御史台的设立，一下多出了大量的官职需要大量官员充任，正好用以大封群臣。
国渊，作为最早跟随司马宇的老人，也是整个华国的奠基人之人，封其为中书令，总掌全国机要政令。
王猛，经事治国之才，投入司马宇麾下后在整饬吏治、发展地方经济上做出了重大贡献，封其为尚书令兼管户部，总掌全国政务。其下，左右仆射暂时闲置，由向朗出任吏部尚书，汉代名儒钟繇出任礼部尚书，徐庶出任兵部尚书，原上丰、石道二郡都督崔州平出任工部尚书。
商圣范蠡，以说服吴汉，为司马宇建言之功，出任门下省侍中，同中书令、尚书令三人共议国政。
由于朝廷初创，三省六部制刚刚确立，原本的南方王幕府官员和人才储备有所不足，在大量抽调了地方官员充任三省六部之后，仍存在着不少官职空缺和身兼数职的情况。
至于御史台则由原孔有德麾下刘玄初出任御史大夫一职，其下三院各官员则同样由各郡县官员抽调。
军制方面则采用募兵制，主要由中央军、水师南北营、各督军和地方郡兵四部分组成。
中央军由东南西北中五军、左右卫军组成。
其中，东西南北中五军仍旧保持原有的编制，东西南北每军5万人，中军6万人，李定国为征东将军、李牧为征南将军、秦良玉为征西将军、斛律光为征北将军、王彦章为中领军，均为正二品官职。
左右卫军则再次调整，均扩充至每军2万5千人，武松为左卫军统领，兀突骨为右卫军统领，正二品官职。
其下，赵云、王彦童、龙威、龙猛、雄阔海、本多忠胜、向条、向充、向宠、施但、白云轩、冯国勇、冯胜、贺拔允、贺拔岳、刘世杰、公孙胜、刘唐、呼厨泉、彻里吉、褚云轩等一众将领则充任各军。
水师南北营分别由俞大猷、九鬼嘉隆两人出任统领之职，正二品官职，每营维持5万人的编制。
夔州孟珙投效司马宇之后，为协助孟珙抵挡南面湘军的入侵，水师北营移师夔州，水师南营则在九鬼嘉隆的率领下移师原水师北营驻地中坝岛，负责保护长江上游航道。
除了中央五军、水师南北营和地方郡兵之外，在此基础上还增加了督军府这一编制，主要设置在各军事要地。
目前，整个华国境内已有五个已经设立的督军府，分别是设立在永州北部、昌州南部、夔州、恭州和津州南部，共计辖兵24万。
在永州北部设置三郡督军府，由慕容翰出任督军一职，从三品官职，总辖云龙、陈食、金沙三郡军事，督军府辖兵3万，主要用以防备永州东北两面。
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